企业自建厂房出售涉及多项税种，具体税费需结合实际情况判断。主要包括增值税、土地增值税、企业所得税及印花税等，不同情形下税率和扣除项目可能存在差异：
1. 不动产转让时，增值税是可能涉及的税种。一般纳税人可抵扣进项税额，税率为9%；小规模纳税人则适用简易计税方法，税率3%。
2. 若厂房转让存在土地增值，需缴纳土地增值税。其税率根据增值额与扣除项目金额的比例确定，适用30%-60%的四级超率累进税率。
3. 企业因出售厂房取得收入，需计入企业所得税应税所得，税率为25%（小型微利企业可享受优惠税率）。
4. 厂房买卖双方均需缴纳印花税，税率为产权转移书据所载金额的
0.05%。
5. 若为旧房转让，可能需要对厂房原值、折旧及评估价值进行评估，这会对土地增值税和企业所得税的计算产生影响。
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企业出售自建厂房时，可能面临以下法律风险：
1. 土地增值税核定征收风险：若企业未能提供完整、真实的成本资料，税务机关可能采用核定征收方式，按较高比例核定增值额，进而显著增加企业税负。例如，某企业因无法提供原始建设成本凭证，被核定按转让收入的5%征收土地增值税，该金额远高于其实际应缴税额。
2. 税务稽查风险：厂房转让交易金额较大，容易引起税务机关的关注。若存在转让价格明显偏低、关联交易等情况，税务机关可能要求重新核定交易价格，企业需补缴相应税款。例如，某企业向关联公司低价转让厂房，被税务机关调整计税价格后，需补缴税款及滞纳金。
这些风险可能导致企业承担额外的税费支出，甚至面临行政处罚。建议企业提前做好合规准备。
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企业出售自建厂房的相关税费有着明确的法律依据和税率规定：
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条，销售不动产属于增值税应税行为，适用税率为9%（一般纳税人）或3%（小规模纳税人）。《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）对此也有明确规定。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条指出，转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，应缴纳土地增值税。其税率采用四级超率累进税率，即30%、40%、50%和60%，具体税率取决于增值额与扣除项目金额的比例。
《中华人民共和国企业所得税法》第六条规定，企业转让财产所得应计入应纳税所得额，适用25%的税率（小型微利企业可适用20%或更低税率）。
此外，《中华人民共和国印花税法》附件明确，产权转移书据按所载金额的
0.05%计税，由买卖双方各自承担。
综上所述，企业在出售自建厂房时，应依据转让方式、资产性质、取得时间、成本构成等具体情况，依法进行申报并缴纳上述税款。
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企业出售自建厂房时，以下特殊情况会对税费计算和缴纳方式产生影响：
1. 旧房转让：若厂房为多年前建成，涉及旧房评估、折旧扣除等问题，土地增值税扣除项目可能需采用评估价而非原值，从而影响增值额的计算。
2. 厂房与土地分开转让：部分交易中，厂房与土地使用权分别转让，这可能导致增值税、土地增值税的计算方式不同，需要分别进行处理。
3. 涉及政府补贴或优惠政策：若厂房建设时曾享受税收减免或财政补贴，转让时可能需要补缴相关税费，进而影响企业的最终收益。
这些特殊情形可能改变税种的适用、税率的计算以及申报流程。建议企业在交易前进行全面评估，以确保税务合规。

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